Компания IBM является одним из главных популяризаторов операционной системы Linux на компьютерном рынке. В настоящее время IBM предлагает варианты Linux практически для всех категорий своих продуктов - от блейд-серверов до мейнфреймов. Впрочем, от других своих операционных систем компания тоже не отказывается: и AIX, и zOS поставляются с компьютерами компании по желанию заказчика.

Однако все большую роль в IBM отводят Linux. Это позволяет сократить затраты средств и времени на разработку собственных решений, поскольку значительная часть работы выполняется участниками сообщества open source. Во многом, именно поэтому Linux и была выбрана в качестве программной платформы для Blue Gene. По словам руководителя подразделения IBM Exploratory Server Systems Билла Пуллибланка, выбор в пользу Linux объясняется тем, что эта система открыта и может адаптироваться для использования на такой мощной вычислительной системе, как Blue Gene.

В настоящее время в IBM Research ведутся работы по доработке Linux с целью адаптации ОС к сверхмощным вычислительным системам. Что касается Blue Gene, то первый компьютер этой серии, Blue Gene/L, будет иметь 65 тысяч процессоров и 16 терабайт памяти. Суперкомпьютер сооружается для Ливерморской национальной лаборатории имени Лоуренса (США), которая занимается разработкой ядерного оружия. Стоимость Blue Gene/L составит около 100 млн. долларов, а производительность к 2006 году достигнет 200 триллионов операций в секунду.